新教神学专业内容广泛且多样，涵盖旧约与新约、教会历史、系统神学、实践神学及宗教学等学科。FAU还提供基督教考古学、东方基督教历史与神学、基督教媒体传播、媒体伦理与数字神学、教堂音乐等独特课程。该专业为单一学科，不设辅修，旨在培养神学硕士（Magister Theologiae）或通过教会考试成为牧师。

课程分为三部分：第一部分（4学期）提供神学各领域概览，可同时学习所需语言（拉丁语、古希腊语、希伯来语）；第二部分（4学期）通过高级模块深化知识，学生可根据兴趣选择专攻方向；第三部分（2学期）为整合与考试阶段，准备最终学位考试。

毕业生主要成为牧师，也可在教会及教会组织（如咨询服务）、研究与教学、教育领域（从幼儿到成人教育）、政治或工业咨询、出版与新闻、公共关系、人力资源等领域工作。神学毕业生因个人、社交和沟通技能而备受青睐。