分子科学硕士是一个以研究为重点的高级课程，学制4个学期（2年）。学生可选择两个跨学科研究方向之一：分子生命科学（药物发现与分子建模）或分子纳米科学（纳米材料、纳米分析、超分子化学及应用）。课程模块化设计，灵活性强，包括专业模块、必修选修模块、选修模块、研究模块和硕士论文。

课程包括：分子科学专业模块（40 ECTS，选择分子生命科学或分子纳米科学，含30 ECTS课程和10 ECTS实验实践）、必修选修模块（20 ECTS，从量子化学、生物有机与生物无机化学等主题中选择）、选修模块（3×5 ECTS，可跨学科选课，包括语言、法律、商业等）、研究模块（15 ECTS，6周全职实验室项目）、硕士论文（30 ECTS，6个月研究项目）。总计120 ECTS。

相关专业学士学位（化学或分子化学科学学科，课程至少80%为化学核心学科，其中至少25%为基础实验课程），德国评分系统2.5或以上

毕业生可在制药、生物技术、纳米技术、化学工业等领域从事研发工作，或继续攻读博士学位。